自学院成立以来，承担国家级重点科研项目、国家自然科学基金项目、国防科研、国际合作、省部级及企事业单位委托项目200余项，科研经费总额稳步增长，年均1500余万元。科研项目取得突破，获批国家级重大重点科研项目（Z1级）立项4项、国家自然基金项目等Z2级项目20余项、省部级项目30余项，获得省部级奖励5项。发表高水平论文逐年大幅增长，总计发表JCR一区论文近300篇，发表B类及以上论文近千篇，其中ESI全球TOP 0.1%热点论文实现学校零的突破。出版学术专著12部。获批发明专利111项。实现科技成果转化10余项。

学院拥有辽宁省“船舶智能控制技术”重点实验室（2007年）、辽宁省“港航机电控制工程”高校重点实验室（2007年）、 “无人船舶系统及设备关键技术交通运输行业重点实验室”（2019年）、“辽宁省智能船舶技术与系统重点实验室”（2019年）、“大连市智能船舶技术与系统工程研究中心”（2018年），拥有辽宁省“电气工程”实验教学示范中心、“自动化”实验教学示范中心、大连海事大学-锦州航星集团省级工程实践教育中心。