学院拥有控制科学与工程、电气工程两个学科。

控制科学与工程学科：本学科2006年获批“控制理论与控制工程”二级博士学位授予权，2008年列为辽宁省重点学科，2009年评为辽宁省优势特色学科，2004年获“控制工程”专业学位授予权，2011年获得“控制科学与工程”一级学科硕士学位授予权，2014年获批控制科学与工程博士后科研流动站，2021年获控制科学与工程一级学科博士学位授予权。本学科2014年获批控制科学与工程博士后科研流动站。

电气工程学科：本学科是我校船舶电子电气专业和电气工程及其自动化专业的依托学科，学科1979年首批获得“电力电子与电力传动”硕士学位授予权，2007年获批“电力系统及其自动化”硕士学位授予权，2021年获得“电气工程”一级学科硕士学位授予权；2002年开始招收电气工程在职工程硕士研究生，2009年开始招收电气工程全日制专业学位硕士研究生。本学科拥有在船舶与海洋工程一级学科下设立的船舶电气工程二级学科博士授权点(2012年)。

学院拥有辽宁省“船舶智能控制技术”重点实验室（2007年）和辽宁省“港航机电控制工程”高校重点实验室（2007年）；牵头负责“无人船舶系统及设备关键技术交通运输行业重点实验室”（2019年）、“辽宁省智能船舶技术与系统重点实验室”（2019年）、“大连市智能船舶技术与系统工程研究中心”（2018年）等省部级重点实验室的建设工作，拥有辽宁省“电气工程”实验教学中心，大连海事大学-锦州航星集团省级工程实践教育中心，建成了一流的科研和人才培养基地。